Za účelom lepšej koordinácie využívania EŠIF, ako aj zabezpečenia synergií medzi EŠIF a ďalšími nástrojmi podpory pri implementácii projektov budovania inteligentných miest a regiónov bola v rámci Centrálneho koordinačného orgánu vytvorená pracovná skupina pre inteligentné mestá a regióny. Pracovná skupina je výkonným nástrojom pre akcelerovanie, koordináciu a monitorovanie uplatňovania obsahu, zamerania a cieľov aplikácie koncepcie inteligentných miest a regiónov prostredníctvom EŠIF prostriedkov v podmienkach Slovenskej republiky.

Pracovná skupina koordinuje činnosť vecne príslušných ministerstiev pri podpore implementácie inteligentných miest a regiónov v spolupráci so samosprávou a ostatnými relevantnými aktérmi. Pracovná skupina presadzuje a dohliada, aby projekty inteligentných miest a regiónov boli riešené prostredníctvom EŠIF maximálnou koordináciou v záujme zabezpečenia synergického účinku vynaložených zdrojov.